Stargate Atlantis, bir grup asker, bilim insanı ve uzay keşif ekibinin Pegasus Galaksisi'nde bulunan uzak bir antik şehir olan Atlantis'i keşfetmelerini konu almaktadır. Atlantis, antik bir ırk olan Antikalar tarafından yapılmış ve Büyük Güçlerden biri olan Uzaylılar tarafından kullanılmıştır. Ekip, Pegasus Galaksisi'ndeki yeni dünyalara seyahat eder, tehditleri keşfeder ve araştırırken Atlantis'i savunur.
Dizideki ana karakterler arasında Atlantik Ekibi'nin lideri olan Albay John Sheppard (Joe Flanigan), bilim insanı Dr. Rodney McKay (David Hewlett), Teyla Emmagan (Rachel Luttrell) ve Ronon Dex (Jason Momoa) bulunmaktadır. Dizi, Stargate SG-1'den tanıdığımız bazı karakterleri de içermektedir ve zaman zaman crossover bölümleriyle SG-1 ile bağlantılı hikayeler anlatır.
Stargate Atlantis, bilim kurgu, macera ve keşif temasını başarılı bir şekilde birleştirerek geniş bir hayran kitlesi elde etmiştir. Dizi, popülerliği nedeniyle beş sezon boyunca devam etmiş ve birçok ilgi çekici hikaye, karakter gelişimi ve etkileyici görsel efektler sunmuştur.